针对劳动合同约定计时工资却被公司以计件方式发放的情况，可能存在以下特殊情况或例外情形：1.劳动合同约定“计时工资为主，计件工资为辅”且明确计件规则：若合同中约定计时工资为基础，同时允许公司根据工作任务采用计件方式补充发放（如加班任务按计件计算），且实际发放未低于计时标准，则该方式可能合法，不会影响员工的基础工资权益。2.员工因个人原因主动申请计件工资：若员工书面申请变更为计件方式，且公司已按计件标准足额发放（不低于当地最低工资），则该行为合法，员工后续不得再主张恢复计时工资。3.行业特殊规定或集体合同约定：部分行业（如制造业）的集体合同中约定可根据生产任务灵活采用计时或计件工资，若劳动合同约定与集体合同一致，则公司的计件发放行为可能符合行业惯例，不构成违约。
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针对劳动合同约定计时工资却以计件发放的合法性问题，我们可以依据相关法律法规进行分析。根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条规定：“用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。”本案中，劳动合同明确约定计时工资，公司擅自改为计件发放，属于未与劳动者协商一致变更合同内容，违反该条款。同时，《工资支付暂行规定》（1994年发布）第六条要求用人单位书面记录工资支付情况并提供工资清单，若公司未按计时标准记录工资，也违反该规定。综上，公司未协商一致擅自变更工资支付方式的行为不合法，员工有权要求按约定执行计时工资。
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关于劳动合同约定计时工资但公司以计件方式发放是否合法的问题，需结合具体情况判断。一般情况下不合法。1.若劳动合同明确约定计时工资，公司未与员工协商一致擅自改为计件发放：此时公司违反合同约定，属于未按约定支付劳动报酬，员工有权要求公司按计时工资标准补足差额。2.若公司与员工书面协商一致变更工资支付方式：此时计件发放合法，需确保计件单价和计算方式明确，且不低于当地最低工资标准。3.若合同未明确约定工资计算方式，仅模糊写“计时工资”但实际按计件执行且员工长期未提出异议：可能被视为双方默认变更，但若员工能证明公司存在欺诈或胁迫，仍可主张恢复计时工资。
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针对劳动合同约定计时工资却被公司以计件方式发放的情况，我们总结了以下常见错误操作行为：1.忽视书面证据收集：部分员工仅口头向公司提出异议，未保留劳动合同、工资条等书面证据，导致后续维权时缺乏关键材料，无法证明公司违约。2.超过仲裁时效维权：劳动争议申请仲裁的时效为1年，若员工发现公司以计件发放工资后长期未主张权利，超过时效后仲裁委员会可能不予受理，丧失胜诉权。3.盲目签署变更协议：部分公司以“绩效优化”为由诱导员工签署计件工资变更协议，员工未仔细核对协议内容便签字，导致后续无法主张恢复计时工资。若您已出现上述错误操作，或不确定如何补救，欢迎及时向我们咨询，我们将为您制定针对性的解决方案。

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